קוניאק הוא למעשה סוג של ברנדי, יין מזוקק, שהתיישן בחביות עץ. לא כל ברנדי יכול להיקרא קוניאק - אלא אך ורק ברנדי שיוצר במלואו באיזור קוניאק, שראנט, שבמערב צרפת, תחת תקנות וחוקים המגדירים את תהליך ייצורו לפרטי פרטים. איזור קוניאק מחולק למספר איזורי גידול, השונים זה מזה באיכות התזקיק המיוצרת בהם בשל הבדלי הטרואר - תנאי מזג האוויר והקרקע הייחודיים לכל איזור. האיזור המרכזי והנחשב ביותר בלב קוניאק הוא איזור גראנד שמפיין, בו גדלים הענבים הטובים ביותר לייצור קוניאק.
אך הראשונים לייצר קוניאק היו דווקא ההולנדים. במאה ה-13 החלו מלחים הולנדים להפליג לאזור שראנט וקנו בו מלח ויין. עיירת קוניאק, שכבר במאה ה-11 הייתה ידועה בתור יצואנית המלח הגדולה, הפכה גם ליצואנית גדולה של יין הודות לצריכה הרבה של ההולנדים, ותעשיית היין באזור התפתחה במהירות. עם זאת, ככל שייצרו יותר, כך איכות היין ירדה ואחוז האלכוהול בו נפל. יינות אלה לא השתמרו היטב במסעות בים והתקלקלו מהר. אז הולנדים התחילו לייצר "יין שרוף" – brandwijn (מן המילה הזו התפתחה המילה ברנדי), כלומר לזקק את היין, תהליך אותו למדו מתושבי איזור ארמניאק הסמוך, שבתורם למדו אותו מהכובשים הערבים שהביאו את אומנות הזיקוק לאירופה דרך ספרד מאות שנים קודם לכן. אלכוהול זה יכל להיות מאוחסן במשך זמן רב, ולאחר דילול במים חזר למצב קרוב יחסית אל היין המקורי. כשהתברר לצרפתים כי ההולנדים מוכנים לקנות יותר אלכוהול מאשר יין, מיד החלו לזקק את היין בעצמם ולהציע למלחים ההולנדים את המוצר המוגמר.
בתחילת המאה ה-17 נמצא כי זיקוק כפול חוסך בנפח ומאפשר הובלה של משקה מרוכז יותר, ואף נותן איכות טובה יותר באופן משמעותי. אז גילו במקרה כי אלכוהול המאוחסן במשך זמן רב בחביות עץ אלון משנה את טעמו וצבעו, והיישון בעץ משפר ומשביח אותו - והופך אותו לקוניאק. עם השנים הלך והתפרסם הברנדי ממחוז קוניאק, והפך לשם דבר בחצרות האצולה של צרפת, הולנד ואנגליה. אז החלו לקום בתי המסחר בקוניאק, שקנו את התזקיק מהיצרנים המקומיים ומכרו אותו לסוחרים מרחבי אירופה. בתים אלה כוללים את הבתים הגדולים המוכרים היום - מרטל, רמי מרטן, דלמיין, הנסי ועוד.
לא כל יין מתאים לייצור קוניאק. ראשית, קוניאק מיוצר מענבי יין לבנים. התוצאות הטובות ביותר מושגות מיין המכיל כמות מינימלית של סוכר, כאשר תהליך התסיסה המיר את כולו לאלכוהול. זן הענבים העיקרי המשמש לייצור קוניאק נקרא אוני בלאן (Ugni Blanc), שמקורו בזן האיטלקי טרביאנו והוא ידוע בעמידותו הגבוהה למחלות שונות של הגפן, יבול טוב, וחומציות גבוהה ביין - מאפיין רצוי לייצור קוניאק. השימוש בזן זה החל לאחר מגיפת הפילוקסרה המפורסמת של שנת 1870, אשר השמידה את רוב הכרמים של אירופה. עד אז הזנים הנפוצים היו פול בלאנש (Folle Blanche) וקולומברד (Colombard). עדיין נעשה שימוש מסויים בזנים אלו היום, אך במידה פחותה בהרבה.
בציר ענבים נעשה בדרך כלל באוקטובר, כאשר טעמם של ענבים מגיע לשיאו ולבגרות מרבית. הבציר נעשה לעיתים בעזרת מכונות, אך ברובו עדיין באופן ידני. מיד לאחר הבציר הענבים מועברים למכבש פנאומטי, ואת המיץ הנוצר מעבירים ישירות לתסיסה. ההתססה נמשכת כשבועיים, במהלכה נוצר ביין אלכוהול בריכוז של 9-10%. סחיטה מתמשכת והוספת סוכר לתסיסה אסורים. מדונם אחד מופק בערך 110 ליטר יין.
בחודשים דצמבר וינואר של כל שנה מבוצע תהליך הזיקוק הדודי הכפול המסורתי, בתוך שני אלמביקים (עם שני מחממים כל אחד). זמן הזיקוק של כל אצווה אורך כ-24 שעות. לשם מה נעשה תהליך הזיקוק? הפרדת האלכוהול ומרכיבי הטעם הנדיפים מהמים ומשקעי התסיסה ביין. עקרון הזיקוק מבוסס על טמפרטורת רתיחה שונה של כל אחד מהמרכיבים האלה - היין מחומם בהדרגה, וכל מרכיב בו מתאדה ונאסף לפי הטמפרטורה. התזקיק המתקבל לאחר עיבוי האדים הוא "או דה וי", המורכב מהחומרים הנדיפים הרצויים בלבד, המהווים את החלק העיקרי של הקוניאק.